Licenciado em História pela Faculdade de Letras da Universidade de Lisboa e doutorado em História da Idade Média pela Faculdade de Ciências Sociais e Humanas da Universidade Nova de Lisboa, onde é professor e rege cadeiras no âmbito da História Medieval. Foi director do Instituto de Estudos Medievais daquela mesma faculdade. Bernardo de Vasconcelos e Sousa foi subdirector do Instituto dos Arquivos Nacionais/Torre do Tombo entre 1996 e 1998, 9.° director da mesma instituição entre 1998 e 2001 e vice-presidente do Conselho Superior de Arquivos entre 2001 e 2003.